Inazuma Eleven 3 se convirtió rápidamente en uno de los títulos más esperados de la serie, introduciendo nuevas características de juego, como la capacidad de reclutar nuevos miembros para el equipo y mejorar sus habilidades. La trama del juego sigue a un joven llamado Matsuoka, quien se une a un equipo de fútbol llamado Raimon, con el objetivo de ganar el campeonato de fútbol y descubrir la verdad detrás de una misteriosa organización.